Tác giả: Đặng Hữu Đức
Cập nhật lần cuối lúc 16:26, 04/12/2021. Phản hồi về nội dung, liên hệ với chúng tôi tại đây
Tại Nam Phi, ngày 12 tháng 11, ca đầu tiên nhiễm Omicron được phát hiện và chiếm tới 76% trong tổng số mẫu bệnh phẩm được giải trình tự gen (66 /87 mẫu) tính đến ngày 21 tháng 11. Sau đó, theo làn sóng người rời khỏi Nam Phi, Omicron xâm nhập Châu Âu ( 59 ca tính đến ngày 1 tháng 12) và một số vùng khác như Hồng Kông ,Úc, Canada, Israel,… khiến cho một loạt các chính phủ tái siết chặt hoạt động nhập cảnh. Mới đây nhất, Nhật bản ra thông cáo tạm thời ngưng hoàn toàn nhập cảnh trừ những trường hợp đặc biệt. Việt Nam cũng tạm dừng tiếp nhận các chuyến bay đến từ các nước châu Phi.
Đặc tính genome đáng quan ngại trên protein gai
Protein gai mang kháng nguyên bề mặt của virus, đóng vai trò quyết định trong việc đưa virus xâm nhập vào tế bào biểu mô đường hô hấp. Tiểu đơn vị S1 của protein gai sẽ gắn với thụ thể ACE2 trên màng tế bào vật chủ, sau đó tiểu đơn vị S2 giúp hòa màng envelope của virus vào màng tế bào vật chủ và đẩy lõi RNA virus vào trong tế bào biểu mô đường hô hấp. Do đó, protein gai là thành tố chỉ điểm để sản xuất vaccine phòng Covid-19 hiện nay như Astrazeneca, Pfizer và Nanocovax.
Kết quả giải trình tự gen từ the Network for Genomics Surveillance in South Africa (NGS-SA) đã chỉ ra các đột biến tập trung trên protein gai so với virus được phát hiện ở Vũ Hán, trong đó:
-30 sự biến đổi amino acid: A67V, T95I, G142D, L212I, G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F
-3 đột biến mất đoạn: Δ69-70, Δ143-145, Δ211
-1 đột biến thêm đoạn: ins214EPE .
Trong đó có tới 15 đột biến tập trung ở miền liên kết thụ thể RBD (gồm tiểu đơn vị S1 và S2).
| Đột biến | Tác động |
| K417N, T95I, G142D, Δ143-145, Δ69-70 | Giảm khả năng nhận diện của kháng thể đơn dòng (trung hòa virus) đối với virus, giảm khả năng trung hòa virus của huyết thanh người đã khỏi SARS-CoV-2 |
| Q498R, N501Y | Tăng ái lực bám dính thụ thể ACE2 của virus |
| H655Y, P681H, N679K | Tăng lây truyền giữa người với người và tăng khả năng xâm nhập của virus vào tế bào biểu mô đường hô hấp |
| D614G | Tăng lây nhiễm của virus |
| R203K, G204R (đột biến trên nucleocapsid) | Tăng tải lượng virus trong máu, tăng lây truyền virus. |
| A67V,L212I, Δ211, ins214EPE, Q498R | Chưa từng được ghi nhận trước đây. |
Do đó, trải qua rất nhiều vòng lây nhiễm, virus đã nhanh chóng đột biến, đặc biệt trên protein gai để rồi hoán cốt đoạt thai tạo thành Omicron. Một số đột biến trên cũng đã được ghi nhận trên các chủng Delta, Beta, Alpha, Gamma. Như vậy Omicron cho thấy làm giảm hiệu lực vaccine (“lẩn tránh” miễn dịch thu được từ tiêm vaccine hoặc do bị nhiễm bệnh), tăng lây truyền hơn nhiều so với chủng gốc ở Vũ Hán. Omicron là đáng quan ngại và cần được theo dõi chặt chẽ.
Tuy nhiên, số ca Omicron được ghi nhận vẫn còn rất thấp ở Nam Phi (<100 ca) và Châu Âu (59 ca) tính trong cả tháng 11 và tất cả đều có triệu chứng nhẹ, chưa có triệu chứng bất thường khác (so với ghi nhận trước đây), chưa ghi nhận ca tử vong hoặc bệnh nặng cần điều trị tích cực. Tính đến ngày 1 tháng 12, Mỹ cũng vừa ghi nhận ca Omicron đầu tiên (nhập cảnh từ Nam Phi): bệnh nhân (đã được tiêm chủng đầy đủ) có triệu chứng nhẹ và đang hồi phục. Do đó, vẫn còn quá sớm để đi đến kết luận về biến chủng này trên khả năng và mức độ đàn áp miễn dịch thu được, lây truyền cũng như mức độ nặng khi nhiễm.
Ngoài ra, tổng số ca mắc mới được ghi nhận trong ngày 30 tháng 11 và ngày 1 tháng 12 ở Nam Phi lần lượt là 4,373 ca và 8561 ca với tỷ lệ người lớn được tiêm chủng đầy đủ ở mức thấp (36,17% tính đến ngày 1 tháng 12) thì đây chắc chắn đang và sẽ là mảnh đất màu mỡ cho virus đột biến. Liệu trong số những ca trên, bao nhiêu phần trăm là biến chủng Omicron?
Ngoài lề: Với đột biến mất đoạn Δ69-70, Omicron sẽ được sàng lọc mà không cần giải trình tự gen nhờ vào RT-PCR test (Thermo Fisher TaqPath assays kit). Chưa có thông tin về việc thay đổi độ nhạy của các kit RT-PCR khác trên Omicron. Test nhanh kháng nguyên có thể không bị ảnh hưởng (dựa trên phân tích đột biến ở nucleocapsid)
